微生物组是指特定区域内微生物（微生物群）、其基因及其微环境（生活环境）的完整集合。

肠道微生物组仍然是研究最广泛的微生物组，但对其他微生物组（例如，皮肤、呼吸道、泌尿道、生殖道）的探索正在迅速扩展。

尽管微生物组的细菌成分远远超过其他微生物并且仍然是大多数微生物组研究的重点，但人们对微生物组其他成分（包括病毒、原生动物、真菌和古生菌 [类似细菌的微生物，但又与细菌完全不同]）的研究兴趣日益增加。