Das Mikrobiom ist die Gesamtheit der Mikroorganismen (Mikrobiota), ihrer Gene und ihrer Mikroumgebung (Lebensraum) in einem bestimmten Gebiet.

Das Darmmikrobiom ist nach wie vor das am intensivsten erforschte Mikrobiom, doch auch die Erforschung anderer Mikrobiome (z. B. Haut, Atemwege, Harnwege, Fortpflanzungstrakt) nimmt rasant zu.

Zwar ist der bakterielle Anteil viel höher als bei den anderen Mikroorganismen des Mikrobioms und steht nach wie vor im Mittelpunkt der Mikrobiomforschung, aber dennoch wächst auch das Interesse an der Erforschung der anderen Komponenten des Mikrobioms, einschließlich Viren, Protozoen, Pilzen und Archaeen (bakterienähnliche Organismen, die sich jedoch von Bakterien unterscheiden).