El microbioma es el conjunto completo de microorganismos (la flora intestinal), sus genes y su microambiente (el hábitat) en un área específica.

El microbioma intestinal sigue siendo el microbioma más investigado, pero la exploración de otros microbiomas (p. ej., el de la piel, el aparato respiratorio, el aparato urinario, el aparato reproductivo) se está expandiendo con rapidez.

Aunque el componente bacteriano del microbioma supera ampliamente a los otros microorganismos presentes y sigue siendo el foco de la mayor parte de la investigación microbiológica, existe un creciente interés por estudiar los otros componentes del microbioma, incluidos los virus, los protozoos, los hongos y las arqueas (organismos similares a las bacterias, aunque distintos a éstas).