Notions de base sur le microbiome

villosités intestinales avec des bactéries

La génétique joue un rôle important dans la composition du microbiome1. Les microbiomes intestinaux des chiens génétiquement apparentés sont plus semblables entre eux que dans le cas de chiens non apparentés, malgré une séparation géographique après le sevrage2.

La colonisation microbienne du tractus intestinal est d'abord influencée par le microbiome maternel, l'environnement et la nutrition.

Les microbiomes des chiots étaient plus semblables à ceux de leur mère à l'âge de 7 semaines qu'à la naissance2. Si, entre 2 et 56 jours après la naissance, le microbiome intestinal des chiots se développe en termes de diversité microbienne et de richesse des espèces qui le composent, il est toutefois relativement stable à partir de 42 jours après la naissance3. Les chatons, quant à eux, semblent présenter une diminution de la diversité microbienne entre 4 et 8 semaines après la naissance4.

Une étude de métagénomique laisse penser que le microbiome des chatons subit peu de changements entre 8 et 16 semaines5. En outre, une autre étude a observé des changements dans la diversité structurelle et fonctionnelle du microbiome entre 18 et 30 semaines, mais aucun changement significatif entre 30 et 42 semaines6.

icône Facteurs influençant les microbiomes
icône Facteurs influençant les microbiomes

Avec l'âge, les maladies, les traitements médicaux et d'autres facteurs de stress, l'équilibre bactérien de l'intestin peut évoluer et développer de plus grandes populations de bactéries potentiellement pathogènes3,7,8.

L'environnement dans lequel l'animal évolue peut également avoir un impact considérable sur son microbiome intestinal. Le microbiome des chiens adoptés diffère de celui des chiens vivant en refuge, ces derniers présentant une population de microbiome plus diversifiée1. Les chiens vivant dans les grandes villes présentent un microbiome plus diversifié que ceux qui vivent dans les petites villes ou en milieu rural2.

Un certain nombre d'états pathologiques sont associés à la dysbiose du microbiome intestinal, bien qu'il n'ait pas été déterminé de façon définitive si la dysbiose est la cause ou une conséquence de l'état pathologique1.

Une dysbiose a été observée chez les chiens présentant des entéropathies chroniques, des diarrhées chroniques et des diarrhées aiguës9,10.

Les médicaments peuvent influer sur le microbiome.

Les médicaments antimicrobiens en particulier (comme le métronidazole et la tylosine) peuvent modifier le microbiome en profondeur1,11,12. Les inhibiteurs de la pompe à protons, comme l'oméprazole, exercent également des effets négatifs sur le microbiome1,13.

L'obésité est associée à des changements dans le microbiome, mais le rôle du microbiome comme cause ou conséquence de l'obésité reste inconnu14,15.

Le microbiome des chiens obèses réagit différemment à l'alimentation et s'avère moins résilient que le microbiome des chiens minces15,16.

Le régime alimentaire influe considérablement sur la composition du microbiote intestinal.

Le microbiome peut être influencé par le profil des ingrédients, la concentration des nutriments et leur digestibilité, ainsi que par les procédés de transformation de l'alimentation17-24. La composition des macronutriments semble être le facteur alimentaire le plus important donnant lieu à des changements dans la composition du microbiome17,24-29. Les régimes riches en protéines augmentent la quantité de microbes protéolytiques, tandis que les régimes riches en glucides augmentent la quantité de microbes saccharolytiques23.

Le microbiome intestinal est modifié rapidement en réponse à l'alimentation17,30,31, preuve d'une grande flexibilité dans sa composition. Cependant, ces changements sont réversibles, et le microbiome revient à sa composition d'origine lorsque les chiens reprennent leur régime alimentaire d'origine30,31.

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En savoir plus

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  2. Vilson, Å., Ramadan, Z., Li, Q., Hedhammar, Å., Reynolds, A., Spears, J.,…Hansson-Hamlin, H. (2018). Disentangling factors that shape the gut microbiota in German Shepherd dogs. PLoS ONE, 13(3), e0193507. doi:1371/journal.pone.0193507
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