Notions de Base sur le Microbiome

villosités intestinales avec des bactéries

Bien que le microbiome intestinal ait jusqu'à présent recueilli la majeure partie de l'attention, il existe de nombreux autres microbiomes sur et à l'intérieur du corps.1

Les microbiomes sont présents partout, dans le corps, où résident des microbes : la cavité buccale, la conjonctive, l'oreille externe, la peau, les voies respiratoires supérieures et inférieures, les voies génitales et les voies urinaires. La composition microbienne des différents sites de l'organisme varie considérablement en fonction des propriétés physiques et chimiques du site concerné, comme le pH, la topographie et le niveau d'humidité.2

icône le microbiome au-delà de l'intestin

Chez l'homme, les études sur les microbiomes sont de plus en plus nombreuses, à mesure que s'accélèrent les recherches sur les microbiomes non intestinaux.

L'étude des microbiomes non intestinaux chez les chiens et les chats a pris du retard sur celle des microbiomes humains, alors qu'elle présente des possibilités supplémentaires d'influer sur la santé de l'hôte.

L'étude des microbiomes non intestinaux chez les chiens et les chats a pris du retard sur celle des microbiomes humains, alors qu'elle présente des possibilités supplémentaires d'influer sur la santé de l'hôte.
bactéries buccales

Le microbiome buccal

Malgré son lien physique et fonctionnel avec l'intestin, le microbiome buccal des chiens et des chats est un microbiome unique comptant entre 50 et 100 millions de bactéries représentant environ 200 espèces.2-4 Les études menées à ce jour ont montré que le microbiome buccal des chiens et des chats était composé des mêmes phyla dominants, mais dans des quantités différentes selon les espèces.3,5,6,7 En outre, la population microbienne varie en fonction de l'emplacement précis dans la cavité buccale.8

Le microbiome buccal semble s'être largement conservé chez les chiens, sans différence significative entre les différentes races.3 En revanche, des différences significatives dans la diversité et l'abondance relative du microbiome buccal ont été observées entre plusieurs races de chats, ainsi qu'entre les chats exposés à l'environnement extérieur et les chats strictement d'intérieur.9

Des modifications du microbiome buccal ont été signalées selon le mode de mise bas (par césarienne ou par voie naturelle),5 le type d'alimentation (pâtée ou croquettes, ou changement de régime alimentaire entre l'allaitement et la nourriture commerciale) chez les chats,5,10 le fait de donner de la nourriture à mâcher pour réduire la plaque dentaire chez les chiens,11 l'administration de probiotiques oraux,12 la prophylaxie dentaire13 et les maladies buccales (p. ex. parodontite, gingivite, gingivostomatite).14-18 Toutefois, il faut examiner plus avant si les modifications du microbiome précèdent la maladie et y prédisposent, ou si ces modifications représentent des changements de population microbienne en réponse à un changement d'environnement.3,19,20

Malgré les modifications documentées, le microbiome buccal est résilient.3,13

Le microbiome de la peau

Les microbiomes de la peau des chiens et des chats sont dominés par des phyla bactériens semblables, mais sont plus divers que le microbiome de la peau humaine.21 Comme on l'a également observé dans le microbiome buccal, le microbiome cutané des chiens et des chats partage les mêmes phyla prédominants mais en quantités différentes.21 Chez les deux espèces, les sites poilus présentaient un nombre plus élevé de microbes (richesse microbienne) que les jonctions muqueuses et cutanéo-muqueuses.21 Le rôle global du microbiome de la peau dans la santé et la maladie est mal compris,22 mais le rôle de la peau comme barrière primaire et son association étroite avec le système immunitaire laissent penser qu'il joue un rôle essentiel dans la santé de l'hôte.

La majorité des études sur le microbiome de la peau canine et féline ont porté sur la comparaison de chiens et de chats en bonne santé et allergiques ou atopiques.

Sans surprise, les études ont documenté des différences significatives dans le microbiome cutané des chats en bonne santé et allergiques ainsi que dans celui des chiens en bonne santé et allergiques ou atopiques, avec une diversité et une richesse réduites associées aux troubles allergiques et atopiques.21,23-26

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  1. Yang, J. (2012, July 16). The Human Microbiome Project: Extending the definition of what constitutes a human. National Humane Genome Research Institute Genome Advance of the Month. https://www.genome.gov/27549400/the-human-microbiome-project-extending-the-definition-of-what-constitutes-a-human
  2. Koidl, L., & Untersmayr, E. (2021). The clinical implications of the microbiome in the development of allergy diseases. Expert Review of Clinical Immunology, 17, 115—126. doi:10.1080/1744666X.2021.1874353
  3. Bell, S. E., Nash, A. K., Zanghi, B. M., Otto, C. M., & Perry, E. B. (2020). Assessment of the stability of the canine oral microbiota a er probiotic administration in healthy dogs over time. Frontiers in Veterinary Science, 7, 616. doi:10.3389/fvets.2020.00616
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  6. Dewhirst, F. E., Klein, E. A., Thompson, E. C., Blanton, J. M., Chen, T., Milella, L.,…Marshall-Jones, Z. V. (2012). The canine oral microbiome. PLoS ONE, 7(4), e36067. doi:10.1371/journal.pone.0036067
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