微生物叢（microbiome、マイクロバイオームともいう）は、ある特定の領域に生息する微生物（微生物相（microbiota））、その遺伝子、その微小環境（habitat（生息地））の総称です。

最もよく研究されている微生物叢は腸の微生物叢ですが、他の微生物叢（皮膚、気道、尿道、生殖管など）についての研究も急速に拡大しています。

微生物叢の構成要素である細菌は、他の微生物よりもはるかに数が多く、現在でもほとんどの微生物叢研究の中心となっていますが、ウイルス、原生動物、真菌、古細菌（細菌に類似する微生物だが細菌とは区別される）など、微生物叢の他の構成要素の研究にも注目が集まりつつあります。