O microbioma é uma coleção completa de microrganismos (a microbiota), seus genes e seu microambiente (habitat) em uma área específica.

O microbioma intestinal continua sendo o microbioma mais pesquisado, mas a exploração de outros microbiomas (por exemplo, pele, trato respiratório, trato urinário, trato reprodutivo) está se expandindo rapidamente.

Embora o componente bacteriano do microbioma supere em muito os outros microrganismos presentes e continue sendo o foco da maioria das pesquisas de microbioma, há um interesse crescente em estudar os outros componentes do microbioma – incluindo vírus, protozoários, fungos e archaea (organismos semelhantes a bactérias, mas distinto das bactérias).